农业部负责全国的粮食及农作物生产事宜，根据粮食生产的方式和种类来划分下辖部门，包括种植处、养殖处、采集狩猎处、蜜露鸦蜜处、加工处，部长是一只切叶蚁雌蚁“百草”。
其中蜜露鸦蜜产业对于神使王军团而言非常重要，因此单独列为一个处。
加工处负责食物的再加工，比如发酵、浓缩、稀释、精炼等，有下属的工坊和工匠蚂蚁。
此外，军用苍蝇、甲虫的驯养叫军事部管理，农业部不管。一些非粮食类物资的采集，如植物纤维的采集，由工业部管理，农业部也不管。
工业部管理全国的高炉、作坊，下辖金属工业处、非金属工业处、原材料处等。
如今神使王军团相比其他蚁族有着更加强大的工业制造能力，能够生产铁制品等“高科技”产品，主角决定把工业的地位放到更高层面，因此组建了工业部。
第一任工业部部长是原先管理炼铁高炉的一只大头蚁神工蚁，名为“小石”。
金属工业处管理炼铁高炉等工坊，根据上级命令制定生产计划。
非金属工业处负责管理生产石器、陶器、绳索、木器等的作坊。
原材料处负责所有工坊所需原材料的收集，有一支庞大的工蚁队伍，不像以前那样，和农业部的外出采集食物的蚂蚁是混为一谈的。
科研部由“小秘二世”领衔，由原科研组改组而成，原先的几个科研小组根据研究方向被改组为下属部门，包括：农业科技处、工业科技、军事科技处、其他科技处。又新组建了后勤保障处、安保处作为行政处室。
主角对科研工作非常看重，为此给科技部专门配备了安保力量。
工程部主要负责国境内重要工程的施工，目前的大运河工程及其施工队就移交给了工程部。
工程部部长是一只铺道蚁雄蚁“浮叶二世”，部里下辖规划处、施工处等机构。
交通部负则大宗物资的巢穴间运输，目前的部分甲虫运输队全部划归交通部管理，不过他们只负责非军事运输。
交通部下辖计划处、运输处、驭兽处等，部长是举腹蚁雄蚁“老心”。
外交贸易部负责与其他文明蚁族的外交和贸易事宜，下辖外交处和贸易处，部长是经常执行外交任务的神工蚁“小花”。
教育部负责雄蚁、神兵蚁的军事教育，神工蚁、大工蚁的职业教育等，为军事部、财政部、科技部、农业部和工业部培养专门的蚁才，也负责雄蚁等的常规教育。
教育部下辖军事教育处、职业教育处、普通教育处，教师多是从相关岗位上退休的有经验的蚂蚁，部长为大头蚁雄蚁“甲牛”。
各地副巢的日常行政工作由当地的雄蚁、蚁后、雌蚁、大工蚁、神工蚁、神兵蚁组成副巢会议管理，同时接受本蚁族以及十部的垂直管理。
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