另一边，朝鲜方面自传报日军有进攻晋州的打算后，各地军民开始陆续向晋州驰援，除晋州府使徐元礼外，又有倡义使金千隘率义军三百、庆尚道右兵使崔庆会率兵五百、忠清道兵使黄进率兵七百、副使张润率兵三百、义军高敬命之子高从厚率兵四百，再加上权栗、李?、金海府使李宗仁等援兵，总兵力已达八千以上。
六月十五，日军从釜山出阵，九万三千大军向晋州进发。日军此路兵锋极盛，十六日攻破咸安，十八日攻破宜宁。朝鲜新任都元帅权栗及李?完全不能力敌，各领所部弃城退至南原一带。沿途百姓也一路西逃，纷纷退入晋州避难。到了六月二十一，日军便开始包围晋州。
与此同时，柳成龙获知消息后再次恳求明朝经略宋应昌发兵救援，但宋应昌则婉拒道：“本部堂已接到皇上旨意，在朝廷关于处置倭寇请降的旨意出来之前，我援朝大军当就地驻守，不得擅自调动。身为臣子，本部堂不能抗旨，故援助晋州之事恕本部堂有心无力。”
柳成龙十分疑惑，问道：“这倭寇请降一事从何而来？我们为何不知？”
宋应昌见朝鲜居然不知此事，不禁愣了一愣，才知道沈惟敬并未与朝鲜通气。他心有疑虑，但又不便对此细究，便答道：“朝鲜竟然不知此事？此事在收复汉阳之前，自收到倭寇请降信后便立刻上报朝廷裁决，现在已收到旨意，暂行驻守不得发起战事。”
柳成龙气上心头，语气中明显开始带有情绪：“那就是说，明军早知此事却完全不与朝鲜商量，而收复汉阳则只是一场与倭寇的交易，并且因此阻止了朝鲜的追击，到了现在又对朝鲜战事不管不顾！
经台，我想问问，你看现在的倭寇哪里有请降的样子！对于此事，请你务必给我一个解释！不然朝鲜绝不会善罢甘休！”
无论事情的因果关系如何，宋应昌听了这话都立刻沉下脸来，正色道：“柳成龙，注意你的言辞。倭寇退出汉阳乃是因为我军连战连捷，倭寇难以支撑，才在撤出汉阳之前传递请降之愿。此等大事自需上报朝廷，而不许追击是因追之无益，与所谓交易毫无关联。”
柳成龙正锋相对道：“我不是向经台建议过，说追击之后朝鲜各道官义之兵必能被朝廷统一调度，配合明军围歼敌寇，可获全胜么！”
宋应昌漠然道：“恕本部堂直言，本部堂对朝鲜军的战力毫无信心，也不想看到朝鲜军再度被倭军重创，因此这才不许追击。
至于有关倭寇请降一事，本部堂也心存疑虑，因此自是主战的，也曾上疏进言。但无论如何，如今已有旨意传下，令我入朝全军暂时只作驻守，本部堂岂能抗旨？
本部堂现在能告诉你的是，如倭军北进，我军必迎头痛击。另外，听闻此次倭寇出兵近十万之众，兵力悬殊，即便没有旨意，本部堂也不愿打这一仗，自损元气又对战局于事无补。最后，也奉劝你们放弃晋州退守新的防线，晋州失陷已是必然。”
可是柳成龙不肯放弃，态度软化下来，再劝宋应昌发兵，哪怕发一支疑兵也好。在柳成龙苦求之下，宋应昌答应布置疑兵迷惑日军。
而在朝鲜将领中，同样对晋州深感担忧的还有如郭再佑、金命元等许多人，他们也都是如此设想，即不能力拼，应放弃晋州，重新布置新的防线，毕竟朝鲜朝廷一时间也难以调动大军援救。
日军总大将宇喜多秀家召集诸将布阵，最后的安排是：宇喜多秀家亲领伊达政宗、石田三成、大谷吉继等人率兵一万八千八百布置于城东；
加藤清正领黑田长政、岛津义弘、锅岛直茂率兵两万五千六百布置于城北；
小西行长领细川忠兴、宗义智率兵两万六千一百布置于城西；
小早川隆景及立花宗茂等率兵八千七百于西北紧盯南原及忠州动向；
毛利秀元率兵一万三千六百人于东北防备尚州及善山等地的明军来援；
最后是吉川广家领一队布在江南作为策应。
日将细川忠兴因曾亲身参与第一次晋州围攻战，记忆犹新，不免有所忧虑，道：“前次晋州之战时，朝鲜百姓也都全部助阵，以致攻城十分艰难，听说最近一路陆续涌入晋州的百姓已至六万之多，若他们也都协助守城，那我们真不知要攻到何日了。”
加藤清正不满细川忠兴怯战懦弱，当即责备道：“上次晋州未能攻下，其原因不在有多少人守城，而在你们攻城无能。晋州百姓再多，但兵器终归有限，其凭借城墙倒还能有所作为，城破之后只有被屠杀的命。
我看啊，上次晋州之战就是因为你们太优柔寡断了，所以才会最终败阵，真是替你们感到丢脸。”
伊达政宗自然不想自己初至朝鲜便收获一场败仗，便凭借尊贵名位向诸将训导道：“伊达家来此一为以身作则，二为受太阁殿下之命来此督战。晋州军民相加已接近我军兵力，鉴于前次经验，此次围城必然会颇费时日，我军众多却无法完全展开，故此前几日自然是批次攻城，同样也是消耗朝鲜力量。
不过，还请各位铭记，此次出阵只为攻下晋州。若各位不尽全力，战后请剖腹谢罪即可。太阁殿下也不想再见怯懦畏战之人。身为武士，只有战胜封赏和战死沙场两种结果，除非事先谋划，否则绝不可再出现败逃之事。”
其实从职务而言他说这话有些僭越，但宇喜多秀家似乎并无这等绝无，亦或者说慑于伊达政宗在日本国内的地位而不方便发作，反正是对此表示赞同了。于是宇喜多秀家下令今日先围城布阵，次日再开始攻城。
由此，日军布阵于晋州城外，四面八方的日军如同汪洋大海席卷而来，声势极其逼人。
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