英国在大力发展新教的同时，也在同步对外输出新教，目标即为荷兰(尼德兰)。荷兰原本一直处于西班牙的控制之下(腓力二世的父亲查理五世通过继承得来)，是后者重要的税赋来源地。但自1581年开始，荷兰就宣布脱离西班牙的控制，进而成立尼德兰联省共和国。
本质上来说，腓力二世干涉英国有一定的法理基础，即他是英国前女王的丈夫，是当时英格兰王国的共治国王(尽管他并不长期呆在英国，玛丽在世时他也不爱搭理英国事务)。但英国在伊丽莎白一世继位后向尼德兰地区输入新教，则实在毫无法理依据，的确可以称得上腓力二世所说的背叛天主教了。
而且，西班牙和尼德兰之间的事务从某种意义上来说，应当算得上是“内政”。英国对本就信仰天主教的荷兰输出新教，当然会激化与西班牙之间的矛盾。久而久之，英国和尼德兰的关系愈发密切，同时与西班牙的关系则越来越糟糕，也就不奇怪了。
在这期间还发生了一件大事，伊丽莎白的表侄女苏格兰女王玛丽一世(不是腓力二世的老婆那个玛丽一世)因信仰天主教，被腓力二世与天主教会认定是正统英国女王。
1567年，玛丽因贵族叛变而遭到囚禁，并被迫将苏格兰王位让给她的幼子詹姆斯。惊险逃脱后，她迅速逃往英格兰，却又被姑姑伊丽莎白囚禁。此后直至玛丽过世的二十年间，伊丽莎白与詹姆斯的敌对者仍然不停地筹划将玛丽推上英苏二国女王的宝座。
而利益方面的冲突也日益严峻，英国在西班牙大陆、美洲及大西洋的私掠行为(西班牙视其为海盗)严重影响西班牙的王室收入。
英国的跨大西洋奴隶贸易——由约翰·霍金斯爵士于1562年发起——获得伊丽莎白的支持，其无视西班牙政府控诉霍金斯在加勒比地区西属殖民地的贸易实已构成走私，更是让西班牙对英国视如仇寇。
1568年9月，一支由霍金斯与法兰西斯·德雷克爵士领导的奴隶买卖远征队遭到西班牙突击，造成数艘船舰于墨西哥韦拉克鲁斯沉船，即圣胡安战役。
这场交战使英西二国关系迅速恶化，翌年英国便扣押了数艘西班牙派遣至荷兰支援军队的珍宝舰队。德雷克与霍金斯则加强私掠以突破西班牙在大西洋贸易的垄断。
为达成宣扬新教的人生宗旨，伊丽莎白提供法国宗教战争与荷兰革命的新教势力援助、对抗西班牙。与此同时，腓力二世则大力压制新教的传播，资助法国战争的天主教联盟、支持爱尔兰的第二次德斯蒙德战争(1579年－1583年)，拥护爱尔兰天主教徒反抗伊丽莎白。
1585年，伊丽莎白与荷兰签订楠萨奇条约，同意供予人力、马匹与津贴。腓力二世将此视为伊丽莎白对西班牙的宣战。
战争实际上于1585年就已经爆发。德雷克驶往西印度群岛，在圣多明哥、卡塔赫纳、佛罗里达州的圣奥古斯丁进行劫掠。英国投入了这场后世被称为“八十年战争”的战争之中，站在早先宣布脱离西班牙统治而独立的荷兰新教联邦即尼德兰联邦一方。
腓力二世决议入侵英国，但1587年4月德雷克炸毁37艘在加的斯港口的西班牙船舰后，入侵计划随之受阻。
同年2月8日，伊丽莎白一世处决苏格兰女王玛丽一世，触怒了欧洲的天主教徒。她的英国王权(指苏格兰女王玛丽一世)按照她的个人意愿，传交予腓力二世——简单粗略的说，也就是表侄女把自己继承英国女王的权力让渡给了姑父。
7月29日，腓力二世获得教宗认同，推翻伊丽莎白一世在英国的统治；同时，教宗庇护五世下达破灭令，将伊丽莎白逐出教会，并安排任意人选接掌英国王权。
所以这场战争实际上是宗教导致而利益交织其间的一场战争，不过在西班牙这个宗教氛围极浓的国度中，大家说起这场战争的时候都一定会把宗教因素说得仿佛是唯一缘由一样。
既然摆出了宗教因素，席尔瓦司令只好先顺着他的话道：“没错，我认可你的判断，也赞赏你的虔诚……可是，这与我们要不要打败面前这艘中国战舰又有什么关系呢？”
“司令官阁下，马尼拉大帆船贸易之所以存在，是因为它能为王国带来利益，对于这一点，想必您一定是明确了解的。”埃切瓦里稍稍一顿，继续道：“那么既然如此，我们作为王国海军的一员，就需要时时刻刻站在王国的利益上考虑行动。
比如说对方这艘船，虽然我也很诧异它为何表现得如此怪异，毕竟我们过去这些年从来没有与他们发生过海上冲突——除了您知道的那一次之外。但是，既然现在它有这样的举动，那么我们稍作回应，将其逼退是说得过去的，但倘若真的形成战斗，我认为并不符合王国的利益。”
“你是担心中国人因此不来菲律宾与我们进行贸易了吗？”席尔瓦摇头道：“我认为不会。中国人对白银的渴求远远超过了我们此前的预计，我不认为他们会因为一次小小的战斗就放弃这么多白银。”
“您说得没错，司令官阁下，中国人对白银的渴求的确让人惊讶，但在我看来，恐怕还是我们对他们的需求更多。”
埃切瓦里叹了口气，道：“贸易额、利润这些东西您已经很熟悉了，无须我来重复说明。我想说的是，王国对英格兰的战争恐怕并非一时半会儿就能决出胜负的——我是指，即便无敌舰队击败了英格兰人，陆军登陆英格兰本土，这场仗也远远没有我们想象中那么简单。”
“英国人在百年战争中就已经表现出了惊人的韧性，而我在出发前获悉，我们的无敌舰队虽然足够庞大，但其实所载的陆军士兵只有8000人，加上可以下船进行陆战的水手，也最多不会超过两万。
英格兰人会被两万人打败吗？他们也许会吃一些苦头，但恕我直言，要靠着不到两万人使英格兰屈服，恐怕并不容易。”
席尔瓦皱眉道：“我们可以加派援军。”
“钱从哪来呢？”埃切瓦里一摊手：“现在王国的财政状况您还不知道么？这次出征要不是教宗陛下慷慨地恩赐，特许我们可以从卡斯蒂利亚的教产中征收那笔战争税的话，现在恐怕都根本出不了兵。而即便如此，国王陛下依旧再次欠了热那亚一大笔钱。”
席尔瓦有些不耐烦地道：“所以，您认为现在我们比中国人更缺钱，因此即便他们如此挑衅西班牙海军，我们依旧要忍气吞声，只为了不影响这一年近千万两比索的利润？哦，对了，王室在其中抽税20%，所以实际上国王陛下能拿到的只是两百万比索。”
“两百万比索还少吗？”埃切瓦里苦苦相劝：“国王陛下或许不怕损失两百万比索，但我想，即便富有四海，他也不愿意损失一个一年就能创造两百万比索财富的长期生意。”
席尔瓦长长地吐出一口浊气，无奈道：“好吧，好吧，埃切瓦里舰长，你说服我了，我决定……”
“砰！”
“砰！砰！砰！砰！砰！”
一连串的炮声打断了席尔瓦司令的话，他先是一怔，继而大怒吼道：“怎么回事？还没到射程之内，是谁开了炮？”
从外头跑进来的大副回答他的话，让他和埃切瓦里同时呆住了：“报告，司令官阁下，是中国战舰抢先开炮校射了！”
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