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此后不久，新兴的格鲁派就受到仁蚌巴家族的限制和打击，处于低潮。这期间有宗喀巴晚年时的一个弟子根敦珠巴在日喀则新建扎什伦布寺，成为格鲁派在后藏地区的中心。
根敦珠巴去世时扎什伦布寺的法台仍是由其弟子继承，但是同时有一些人认为在达那地方出生的根敦嘉措是根敦珠巴的转世，并把根敦嘉措迎请到扎什伦布寺居住。
由于当时格鲁派中还没有实行活佛转世的制度，所以根敦嘉措的地位一直难以确定。后来根敦嘉措受到扎什伦布寺法台意希孜莫的排斥，离开扎什伦布寺到哲蚌寺学佛。
根敦嘉措在前藏各地活动，逐渐有了名望，他又在山南兴建了曲科杰寺。正德七年，意希孜莫请他返回扎什伦布寺，让他担任扎什伦布寺的法台，这可以说是格鲁派中活佛转世对师徒相传取得了优势。
这时，仁蚌巴下令禁止格鲁派僧人参加拉萨正月的祈愿**会，哲蚌寺僧众请求根敦嘉措返回。正德十二年，根敦嘉措出任哲蚌寺法台，正德十三年，由他主持拉萨正月祈愿**会，争回了格鲁派僧人参加祈愿**会的权力。到了嘉靖四年，他又兼任色拉寺法台。
从此，根敦嘉措的历辈转世都要担任哲蚌寺和色拉寺的法台，这就使他的转世系统的影响和实际地位超过了甘丹赤巴，成为格鲁派的实际的领袖。内邬宗宗本还把哲蚌寺的别墅送给他，改名为甘丹颇章。
此后便是索南嘉措的时代了，这位活佛此前也有过介绍，就不多说了。要说的是，他在历史上就表现出极高的政治能力，被打压的格鲁派正是在他手中取得了其在蒙古的生机乃至大发展。
索南嘉措活佛在将黄教送往蒙古，并使其落地生根的过程中，有过三次最关键的举动，在原本的历史上，这三次举动都说明了他的政治眼光和手段。
第一次不必多说，就是和俺答的会晤与互赠尊号。
第二次则是他亲自赶往土默特主持俺答汗的葬礼——虽然在原历史上这件事拖得有点久，但那是因为其他因素导致的（活佛出行，一路为当地信众开坛，讲经说法），活佛本人的决断没有任何迟疑。
第三次则是他在圆寂之前就公开“预言”：四世活佛将在蒙古地区产生。这件事很有意思，因为他圆寂之后，黄教与土默特联合确认，他的转世灵童正是俺答的一位重孙，这位俺答汗的重孙也是历史上唯一一位蒙古族出身的活佛转世灵童。
原因不敢多说，反正高务实已经下了黑决心，以后转世灵童这档子事，咱们就提前开始搞鞑清历史上搞过的那一套——要不要照搬金瓶掣签制度无所谓，但反正就是把转世灵童的确认权收归大明来决定。
索南嘉措活佛如此有政治头脑的人，高务实说服起来反而更容易。
说服聪明人其实真的比说服蠢蛋容易得多，因为聪明人会审时度势，而蠢蛋只会钻进牛角尖里出不来。
这次高务实给索南嘉措的信中，除了对他弘扬佛法、劝人向善等功业歌功颂德了一番之外，真正最关键的事情就是三点：
一是告诉他这次来是帮俺答主持葬礼可以强化黄教在蒙古的地位；二是请他来为新任顺义王赠予尊号，可以获得新任的年轻顺义王接下来数十年的全力支持；三是这两件事做好之后，自己将会为他在大明皇帝面前讨得封号。