到了卜赤汗时期，察哈尔部又迎来了一次重要的大分封。在这一次分封中，察哈尔部所属部众再一次扩充。但是，左翼蒙古察哈尔部虽然成为了土默特汗庭重要的支柱，在获得极大的扩充的同时，却也是遭到了右翼蒙古的仇视。
尤其是在卜赤汗时期，卜赤汗作为左翼蒙古一系，依靠着察哈尔部的力量，成功夺得汗位，并因此不断打压右翼，将右翼蒙古极大的削弱，使得他们只能屈从于卜赤汗为首的左翼蒙古黄金家族一系。
但是很显然，右翼蒙古不会这样安于现状。为了能够更好的震慑右翼蒙古，同时保持对大明朝的军事压力，在卜赤汗时代，察哈尔部进行了第一次南迁，抵达大明宣府、大同两镇边外。
然而好景不长，由于之后爆发的兀良罕叛乱，察哈尔部不得不离开漠南地区，再一次回到漠北镇守，虽然之后卜赤汗增加了察哈尔部的部众，但是察哈尔部的北归，却也直接使得右翼蒙古的军事压力大为减轻，同时因为卜赤汗在分封的失误，使得右翼蒙古重新做大。
伴随着察哈尔北迁的同时，在俺答的带领下，右翼蒙古一方面表示继续追随左翼卜赤汗，一方面又同时悄然开始向南拓展，他们绕过大明陕甘地区，在青海地区开辟了新的土默特部牧场。同时，颇有远见的俺答汗积极接纳逃亡汉人，组织他们在土默川开拓耕地，修建城镇。
当卜赤汗终于完成了漠北平定兀良罕叛乱之后，他本想要整合右翼蒙古，以此来稳固自己的权力，但是此时的右翼蒙古显然已经有了推翻这位左翼汗王的力量。
此时的俺答汗，已经控制了整个右翼蒙古诸台吉。而更严重的是，伴随着察哈尔部由于战事需要所进行的北迁，使得原本属于察哈尔部的牧场，早已被右翼蒙古迅速侵占，而在卜赤汗病逝漠北的时候，实际上左右翼蒙古已经彻底分裂。
对于之后继位的达赉逊汗，俺答干脆直截了当的撕破了之前的伪装，他毫不客气地向这位年轻的汗王索要右翼蒙古的汗位。而达赉逊汗自身也清楚，多年的征战，实际上已经严重的消耗了察哈尔部的力量，此时再与俺答硬刚正面，显然并不是一个明智的选择。因此达赉逊汗并没有直愣愣的带领察哈尔部回到原来的牧场，而是盘缩在漠北。
可是，对于庞大的察哈尔部来说，漠北的环境显然过于苛刻，一直呆在漠北只会越来越弱。无可奈何之下，达赉逊汗最终率领大部分察哈尔部成员南迁。他不知道，这一次左翼蒙古的南迁，在原本的历史上，最终改变了整个东北亚乃至世界的历史。
达赉逊汗从嘉靖二十九年开始着手准备向南迁徙的事宜，但是如此巨大的动向，其存在的风险，自然是不言而喻，因此达赉逊汗将庞大的察哈尔部分割，留下了相当一部分继续驻守在漠北，这一支察哈尔部最后便演化为后来的喀尔喀蒙古，以及后世俄罗斯境内的卡尔梅克人。
这一次，达赉逊汗的目的，并不是带领察哈尔部返回宣府大同以北的牧场故地，因为那里几乎已经成为右翼蒙古的统治中心，不可能任由他们占据。他将目标放在了大明蓟镇和辽东以北的牧场，但这一地区肥沃的牧场，其实也早已有主：生活在这里的，是作为大明藩篱和附庸的蒙古“朵颜三卫”——熟知明史的读者诸君想必都很了解，就不赘述了。
这样一来，左翼蒙古的这次大举南迁，也就成了达赉逊汗对于朵颜三卫的征服战争。相对于庞大的察哈尔部，朵颜三卫的力量显然根本不足以抗衡。因此到了嘉靖三十年，朵颜三卫不得不降伏于达赉逊汗。
不过，碍于大明的军事威慑，达赉逊汗并没有将朵颜三卫一举吞并，而是留下了少量牧场，供已经损失惨重的朵颜三卫余部使用。而朵颜三卫的大部分，则在其首领的带领下，离开了明朝的庇护，选择投靠俺答汗统治的土默特蒙古，并最终消失在历史长河中。